Tuesday 7 February 2017

multiple imputation in R

USE MICE PACKAGE FOR  multiple imputation

>install.packages("mice")

> library(mice)
AND create new data set using
old data set "r"
new data set "sample"
sample = r[c("Rasmussen", "SurveyUSA", "PropR", "DiffCount")]
 summary(r)
         State          Year        Rasmussen          SurveyUSA          DiffCount    
 Arizona    :  3   Min.   :2004   Min.   :-41.0000   Min.   :-33.0000   Min.   :-19.000
 Arkansas   :  3   1st Qu.:2004   1st Qu.: -8.0000   1st Qu.:-11.7500   1st Qu.: -6.000
 California :  3   Median :2008   Median :  1.0000   Median : -2.0000   Median :  1.000
 Colorado   :  3   Mean   :2008   Mean   :  0.0404   Mean   : -0.8243   Mean   : -1.269
 Connecticut:  3   3rd Qu.:2012   3rd Qu.:  8.5000   3rd Qu.:  8.0000   3rd Qu.:  4.000
 Florida    :  3   Max.   :2012   Max.   : 39.0000   Max.   : 30.0000   Max.   : 11.000
 (Other)    :127                  NA's   :46         NA's   :71                        
     PropR          Republican  
 Min.   :0.0000   Min.   :0.0000
 1st Qu.:0.0000   1st Qu.:0.0000
 Median :0.6250   Median :1.0000
 Mean   :0.5259   Mean   :0.5103
 3rd Qu.:1.0000   3rd Qu.:1.0000
 Max.   :1.0000   Max.   :1.0000
                                 
> install.packages("mice")

> library(mice)
]
> sample = r[c("Rasmussen", "SurveyUSA", "PropR", "DiffCount")]
> summary(sample)
   Rasmussen          SurveyUSA            PropR          DiffCount    
 Min.   :-41.0000   Min.   :-33.0000   Min.   :0.0000   Min.   :-19.000
 1st Qu.: -8.0000   1st Qu.:-11.7500   1st Qu.:0.0000   1st Qu.: -6.000
 Median :  1.0000   Median : -2.0000   Median :0.6250   Median :  1.000
 Mean   :  0.0404   Mean   : -0.8243   Mean   :0.5259   Mean   : -1.269
 3rd Qu.:  8.5000   3rd Qu.:  8.0000   3rd Qu.:1.0000   3rd Qu.:  4.000
 Max.   : 39.0000   Max.   : 30.0000   Max.   :1.0000   Max.   : 11.000
 NA's   :46         NA's   :71      
                                   
> set.seed(144)
> imputed = complete(mice(sample))

 iter imp variable
  1   1  Rasmussen  SurveyUSA
  1   2  Rasmussen  SurveyUSA
  1   3  Rasmussen  SurveyUSA
  1   4  Rasmussen  SurveyUSA
  1   5  Rasmussen  SurveyUSA
  2   1  Rasmussen  SurveyUSA
  2   2  Rasmussen  SurveyUSA
  2   3  Rasmussen  SurveyUSA
  2   4  Rasmussen  SurveyUSA
  2   5  Rasmussen  SurveyUSA
  3   1  Rasmussen  SurveyUSA
  3   2  Rasmussen  SurveyUSA
  3   3  Rasmussen  SurveyUSA
  3   4  Rasmussen  SurveyUSA
  3   5  Rasmussen  SurveyUSA
  4   1  Rasmussen  SurveyUSA
  4   2  Rasmussen  SurveyUSA
  4   3  Rasmussen  SurveyUSA
  4   4  Rasmussen  SurveyUSA
  4   5  Rasmussen  SurveyUSA
  5   1  Rasmussen  SurveyUSA
  5   2  Rasmussen  SurveyUSA
  5   3  Rasmussen  SurveyUSA
  5   4  Rasmussen  SurveyUSA
  5   5  Rasmussen  SurveyUSA
> summary(imputed)
   Rasmussen         SurveyUSA          
 Min.   :-41.000   Min.   :-33.000  
 1st Qu.: -8.000   1st Qu.:-11.000  
 Median :  3.000   Median :  1.000  
 Mean   :  1.731   Mean   :  1.517  
 3rd Qu.: 11.000   3rd Qu.: 18.000
 Max.   : 39.000   Max.   : 30.000  
> no NA values 
now change both  the new variable 

given below

r$Rasmussen = imputed$Rasmussen

> r$SurveyUSA = imputed$SurveyUSA
> summary(r)
         State          Year        Rasmussen         SurveyUSA         DiffCount    
 Arizona    :  3   Min.   :2004   Min.   :-41.000   Min.   :-33.000   Min.   :-19.000
 Arkansas   :  3   1st Qu.:2004   1st Qu.: -8.000   1st Qu.:-11.000   1st Qu.: -6.000
 California :  3   Median :2008   Median :  3.000   Median :  1.000   Median :  1.000
 Colorado   :  3   Mean   :2008   Mean   :  1.731   Mean   :  1.517   Mean   : -1.269
 Connecticut:  3   3rd Qu.:2012   3rd Qu.: 11.000   3rd Qu.: 18.000   3rd Qu.:  4.000
 Florida    :  3   Max.   :2012   Max.   : 39.000   Max.   : 30.000   Max.   : 11.000
 (Other)    :127                                                                      
     PropR          Republican  
 Min.   :0.0000   Min.   :0.0000
 1st Qu.:0.0000   1st Qu.:0.0000
 Median :0.6250   Median :1.0000
 Mean   :0.5259   Mean   :0.5103
 3rd Qu.:1.0000   3rd Qu.:1.0000
 Max.   :1.0000   Max.   :1.0000  

No comments:

Post a Comment